再由于霍恩海姆夫妇发明了人工灵脉

于是，这样一场扭曲的圣杯战争，就开始了

（↑以上为背景）

以下是基本流程大纲：

一开始，因为魔术师们的欺骗，让英灵们以为这不是一场勾心斗角，而是堂堂正正赢得胜利的圣杯战争，所以对master放松了警戒

主角察觉到master们的异状，但是其余servent（caster除外）并不太相信

齐格弗里德欺骗为阿咯琉斯，布伦希尔德将之误杀，随即也崩溃自杀。（炼金术夫妇的犹豫）

尼禄和晓美焰被master要求联手，之后击败了帕秋莉·诺蕾姬（该做的事情做完了，回红魔馆去了），然后因为主角是由帕秋莉·诺蕾姬提供魔力的“架空英灵”而没有人再重视她。

之后的战场，由尼禄、晓美焰和娜娜莉参加。

master们事先在娜娜莉的宝具（科幻机甲，所以以当时的科技水平要做手脚太简单了），尼禄和晓美焰在不知情的情况下，击败了娜娜莉

察觉的有些不对尼禄和晓美焰决定再做准备

另选地方做最后的一场堂堂正正战斗来分出胜负

正当两人离开时，爱丽丝命令尼禄使用固有结界偷袭杀死“眼前的敌人”（实际是晓美焰）（咒令）,期间还有诚的幻想魔术对尼禄的欺骗

尼禄本来并不期待圣杯，只想要一个光明正大的谢幕

可是，咒印的命令却使得她又成为了一名背叛者，一名伪君子真小人，在master没有下令的情况下用短剑刺破自己的喉咙而死

这时，魔术师们以为英灵已经全部阵亡（主角不算，因为主角是蓬莱山辉夜召唤来的“架空英灵”），正当魔术师们以为他们终于可以向圣杯许愿时

爱丽丝杀死了自己以外的所有魔术师

爱丽丝许愿要成为世界之王，要让世界上的所有人承认师傅的作品

整个结界“冬木市”崩溃了

时光倒流，爱丽丝变成了一名继承并发展师傅作品的作家

给已经陷入发展瓶颈的世界带来了发展的灵感，让他和师傅得到了人民的成为，被称为“最后的幻想之王”

这时，咒文声响起

主角固有结界“终焉的幻想乡”显现出来

原来，主角从一开始就发现了master们的不对劲，但是却没有证据证明他们谋划着什么

在尼禄和帕秋莉的战斗中

看到尼禄的固有结界“动荡的黄金剧场”后

完成了自己固有结界“终焉的幻想乡（final_fantasy_world）”的主角

逐渐用自己的固有结界侵蚀了“结界冬木市”

实际上保住了所有英灵们

而爱丽丝的愿望，实际上是在固有结界中的一场美梦

他将在美梦中，逐渐死去