1899年5月，任超下令对全国部队进行大规模整编，整编之后将将国内划分为七大军区。

华北军区，司令部设在北京，总司令帝国陆军上将周泰。下辖帝国陆军步兵第1师至第6师，骑兵第1师，骑兵第2师，骑兵第3师，炮兵第1师，第2师，第3师等部，以上皆为野战部队，其中整编步兵师每师的兵力为2万人，骑兵师为六千人，炮兵约为一万二千人，加上后勤部队总兵力约十九万人。除了野战部队之外，另有警备部队6个师约10万人，因此整个华北军区总兵力约为三十万，预计在两年之内全部完成整编计划。华北军区主要负责驻守京师，直隶，山东，山西，内蒙，外蒙等地。

东北军区，司令部设在奉天，总司令为帝国陆军中将孟岩。下辖帝国陆军第7师~第11师，骑兵第4师，骑兵第5师，炮兵第4师，炮兵第5师等部，野战部队总兵力约为14万人，加上4个警备师5万余人，总兵力约20万。负责驻守东北三省，按照计划整军计划将在两年之内完成。

西北军区，司令部设在西安，总司令为陆军中将牛凯旋，下辖帝国陆军步兵第12师~第15师，骑兵第6师，第7师，第8师，炮兵第6师等部，野战军兵力12万余人，加上四个警备师，总兵力约18万人。负责驻守陕西，甘肃，宁夏，新疆。西藏等地。预计将在两年之内完全整编计划。

华东军区，司令部设在南京，总司令为帝国陆军中将王靖。下辖帝国陆军步兵第16师~第19师，炮兵第7师，第8师等部。野战军总兵力约11万人，加上5个师的警备部队，总兵力约18万人。主要负责驻扎安徽，江苏，浙江，江西等地。预计将在两年之内完成整编计划。

华中军区，司令部设在武汉，总司令为帝国陆军中将罗勇，下辖帝国陆军第20师，第21师等部野战军总兵力约五万人。另有四个师的警备部队6万余人，整个军区总兵力11万余人，负责驻守河南，湖北，湖南三省，预计将在两年之内完成整编计划。

华南军区，司令部设在广州，总司令为帝国陆军上将刘永福。下辖帝国陆军第22师~第25师，炮兵第9师等部，野战军兵力约10万人。另有警备部队4个师约6万人，整个军区总兵力16万人。负责驻守福建，广东，广西，台湾四省。预计将于两年之内完成整编计划。

西南军区，司令部设在昆明。总司令为帝国陆军中将唐振宇，下辖帝国陆军步兵第26师~29师。炮兵第10师，野战军总兵力约8万人。另有三个警备师总兵力四万余人，整个军区总兵力约13万。负责驻守云南，贵州，四川等地。预计将于两年之内完成整编计划。